近日，迪安診斷（300244）與山西白求恩醫院甲狀腺及減重代謝外科韓建立主任團隊合作，通過高通量測序（NGS）平臺，首次在一例甲狀腺癌患者中發現新型罕見NTRK3雙融合，相關研究成果《Case Report: Identification of a novel NTRK3-AJUBA fusion co-existing with ETV6-NTRK3 fusion in papillary thyroid carcinoma》于2023年4月28日發表于國際腫瘤學前沿雜志《Frontiers in oncology》（五年影響因子: 6.1225）。
案例介紹
患者為47歲女性，主訴體檢發現甲狀腺結節，兄妹三個，沒有甲狀腺癌家族史，既往病史為貧血。超聲檢查提示右側葉實質回聲彌漫改變伴多發點狀鈣化（TI-RADS 5）、右側葉多發結節伴點狀鈣化（TI-RADS 4a）、右頸II-IV及頸部VI區多發淋巴結腫大，考慮惡性腫瘤。其他術前異常檢查結果包括完全性右束支傳導阻滯，白細胞減少以及貧血。患者于2021年9月6日行甲狀腺癌擴大根治術，術后病理報告左葉甲狀腺微小乳頭狀癌（直徑3mm），右葉甲狀腺乳頭狀癌（多灶，直徑0.6-1.2cm），左中央區淋巴結轉移（2/7），右中央區淋巴結轉移（13/17），右頸II區淋巴結轉移（3/5），右頸III-V區淋巴結轉移（5/8）。患者術后接受一次碘-131治療。
【資料圖】
為尋求更精準的個性化診療方案，患者的手術腫瘤組織樣本采用迪安診斷甲狀腺癌基因檢測產品（迪佳安Plus）進行分子檢測，結果顯示該患者檢出一個從未報道過的新型罕見NTRK3–AJUBA（N13， A2）基因融合，與已知的ETV6-NTRK3（E4，N14）基因融合共存（圖1），數據分析結果采用IGV軟件進行人工審核（圖2）。
圖1. 新型罕見NTRK3雙融合示意圖
圖2. IGV可視化NTRK3雙融合
實驗驗證
圖3. NTRK3雙融合Sanger測序驗證結果
圖4. NTRK3雙融合FISH檢測結果
為了證實新型罕見NTRK3雙融合，我們進一步采用Sanger測序、熒光原位雜交（FISH）以及免疫組織化學（IHC）進行多重實驗驗證。其中Sanger測序結果（圖3）、FISH檢測結果（圖4）和NGS檢測結果一致，而pan-TRK IHC染色結果為陰性（圖5）。
圖5. NTRK3雙融合pan-TRK IHC染色結果
圖6. 預測的NTRK3雙融合蛋白結構域示意圖
討論與啟發
本研究基于RNA-based NGS測序在一例甲狀腺乳頭狀癌患者中發現新型罕見NTRK3雙融合，并通過Sanger測序和FISH檢測進一步證實了NGS檢測結果。由于缺乏特異性的NTRK3單克隆抗體，臨床通常采用pan-TRK免疫組化染色檢測NTRK3融合蛋白，但是存在NTRK3融合陽性、pan-TRK免疫組化染色結果假陰性相關的研究報道，綜合NGS、Sanger測序和FISH檢測結果，本案例中的pan-TRK IHC檢測結果為假陰性。該發現為NTRK3融合檢測方法選擇提供了真實世界數據支持，進一步證實了RNA-based NGS是基因融合檢測的最佳方法。
ETV6-NTRK3融合是甲狀腺癌中常見的驅動基因變異，提示患者在術后復發可能從NTRK抑制劑靶向治療中獲益。AJUBA基因參與有絲分裂、細胞粘附、基因轉錄、細胞分化、細胞增殖和遷移等生物學過程，已被證實在多種惡性腫瘤中可作為致癌基因或抑癌基因發揮重要作用，AJUBA基因在甲狀腺癌中的功能尚不明確。基因突變和基因表達失調是AJUBA基因主要的變異類型，本研究首次揭示了AJUBA基因存在基因融合事件，并且保留了完整的功能結構域，提示NTRK3–AJUBA基因融合具有潛在的功能。
由于NTRK融合在常見腫瘤中的發生率較低以及常規融合檢測方法的局限性，NTRK3雙融合尚未在甲狀腺癌或其他腫瘤中報道過。此前有研究報道稱，非相互/相互ALK易位和NSCLC患者一線克唑替尼治療腦轉移及不良PFS相關；非相互/相互ROS1易位和肺腺癌患者克唑替尼治療敏感性增加、PFS延長相關，提示本案例發現的非相互/相互NTRK3易位在甲狀腺癌靶向治療和預后中的潛在作用。該患者術后隨訪19個月，至今無復發或轉移，NTRK3雙融合對NTRK抑制劑治療及預后的影響有待長期隨訪。
結語
NTRK基因融合是多種成人和兒童腫瘤的致癌驅動基因及治療靶點，包括NTRK1/2/3，是不限癌種和年齡的分子標志物。近年來，兩款療效卓越的NTRK基因融合靶向藥恩曲替尼（Entrectinib）和拉羅替尼（Larotrectinib）經美國食品藥品監督管理局（FDA）和中國國家藥品監督管理局（NMPA）正式批準上市，開啟泛癌種NTRK靶向治療新篇章。NTRK融合在甲狀腺癌中的發生率約為5%-25%，但NTRK雙融合的發生率較低，缺乏相關的研究數據，本研究基于NGS測序在全球首次報道ETV6-NTRK3 & NTRK3–AJUBA雙融合病例。該發現不僅擴展了NTRK基因融合頻譜，也為患者術后復發提供了一種治療選擇和“救命稻草”。
迪安診斷
甲狀腺臨床科研整體化解決方案
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